Khi Graf Zeppelin không hoàn thành vào cuối năm 1940 như dự kiến, việc chế tạo Fi 167 trở thành ưu tiên thấp hơn. Cho đến lúc đề án Graf Zeppelin ngừng lại vào năm 1940, việc phát triển thêm của Fi 167 cũng ngừng lại và các mẫu đã hoàn thành được đưa vào biên chế của Luftwaffe thuộc "Erprobungsgruppe 167".

Năm 1942 đề án Graf Zeppelin được tiếp tục thì Ju 87C đã nhận vai trò máy bay ném bom trinh sát và máy bay phóng ngư lôi đã không còn cần thiết nữa. 9 chiếc Fi 167 được gửi tới phi đoàn hải quân bờ biển ở Hà Lan và sau đó trở lại Đức vào mùa hè năm 1943. Sau đó, chúng được bán cho Croatia,[2] để làm máy bay vận tải đạn dược và nhu yếu phẩm cho quân Croatia bị bao vây từ tháng 9/1944 cho đến khi chiến tranh kết thúc. Trong một nhiệm vụ vận chuyển đạn dược như vậy gần Sisak ngày 10/10/1944, 1 chiếc Fi 167 thuộc không quân nhà nước độc lập Croatia đã bị 5 chiếc North American Mustang Mk III thuộc Phi đoàn 213 RAF tấn công. Tổ lái chiếc Fi 167 đã bắn hạ 1 chiếc Mustang trước khi cũng bị bắn hạ - đây có thể là một trong những chiến công "kill" cuối cùng của máy bay hai lớp cánh trong chiến tranh.[3]

Các máy bay còn lại được sử dụng trong Deutsche Versuchsanstalt für Luftfahrt (Viện thử nghiệm máy bay Đức) ở Budweis, Tiệp Khắc nhằm thử nghiệm các kiểu bánh đáp khác nhau. Hiện nay không còn chiếc Fi 167 nào còn sót lại.